南通拥有多个港口，主要包括：
南通港：
位于长江下游河口段北岸，是江苏省内最大的港口之一，以集装箱、液体散货、煤炭、矿石、件杂货等运输为主。
如皋港：
以集装箱和散杂货运输为主。
洋口港：
位于南通市如东县，是江苏省东南沿海一座离岸型深水港，以能源、原材料运输为主。
天生港：
历史上曾是一个重要的海港，现在也是南通港的一部分。
吕四港：
位于启东市，是江苏省重点镇，也是启东市第一大镇，地处黄海之滨。
老坝港：
位于海安市，是一个渔港。
海门青龙港：
位于海门区，是另一个重要的港口。
其他渔港：
如启东市的茅家港、篙枝港、塘芦港、协兴港、连兴港渔港；如东县的东凌、刘埠渔港；海门区的东灶渔港；通州区的遥望港渔港等。
这些港口不仅支持着当地的渔业、物流运输，也对南通乃至整个长江三角洲地区的经济发展起到了重要作用