水霉菌在高温下可以死亡，但需要达到至少100度以上的温度，并且需要持续一定的时间。例如，资料中提到，只有100度左右开水的状态才可能杀死水霉菌。然而，在水产养殖中，通常不会使用如此高的温度来处理，因为这可能会对鱼类造成严重的伤害。
另一种方法是提高水温以抑制水霉菌的生长，但即使将水温升至30度，水霉菌也不会死亡，只是其生长会受到抑制。实际上，水霉菌在25℃至30℃的温度范围内生长繁殖最为适宜。
因此，在水产养殖中，预防水霉病的发生比治疗更为重要，包括维持适当的水温、避免鱼类受伤以及减少水体中悬浮颗粒物等措施。