等位基因（allele）是指在一对同源染色体上，控制同一性状的不同基因形式。这些基因位于染色体的相同位置，但编码不同的蛋白质或RNA分子，从而影响同一性状的不同表现形态。例如，控制人类眼睛眼皮形态的基因就有显性和隐性两种等位基因，分别决定双眼皮和单眼皮。
等位基因可以是显性的（dominant）或隐性的（recessive），显性基因在遗传组合中能够覆盖隐性基因的效果，使得显性特征在表型中表现出来。在某些情况下，等位基因之间还可能存在相互作用，如共显性（codominance）或互作（interaction），影响最终表现出的性状。
等位基因的存在是遗传多样性的基础，对于物种适应环境和进化至关重要。在遗传咨询、医学诊断和育种等领域，理解等位基因的概念非常重要