总分机构企业所得税的缴纳遵循以下步骤和原则：
总分机构企业所得税的计算和分摊
总机构需要根据上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额等因素，计算各分支机构分摊所得税款的比例。
三级及以下分支机构的相关数据统一计入二级分支机构。
分摊比例的权重依次为营业收入0.35、职工薪酬0.35、资产总额0.30。
预缴和申报
总机构和分支机构分别按月或按季向所在地主管税务机关申报并预缴企业所得税。
总机构在进行企业所得税汇算清缴时，需向主管税务机关提交《企业所得税年度纳税申报表》及附送分支机构名单和各分支机构填写的《企业所得税年度纳税申报表》（只填写主表1至13行次）。
分支机构在年度终了后6个月内，将《企业所得税汇总申报确认单》及加盖总机构主管税务机关受理专用章的《企业所得税年度纳税申报表》一并报送其主管税务机关。
汇总纳税企业的纳税期限
汇总纳税企业应在每个纳税年度结束后进行企业所得税的汇总申报和缴纳。
如果总机构在规定期限内按实际利润额预缴税款有困难，也可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4进行预缴。
独立纳税与合并纳税的选择
分支机构若具有法人资格，可以独立进行纳税申报和缴纳企业所得税。
分支机构若不具有法人资格，其所得税可由总公司统一申报和缴纳，或选择独立核算并自行申报缴纳企业所得税，但这需要税务机关的批准。
电子税务局的操作
企业可以通过电子税务局进行总分机构的所得税申报和汇总纳税报告的提交。
建议在实际操作中，企业应遵循最新的税法规定和税务机关的指导，确保总分机构的企业所得税准确、及时地申报和缴纳。