处理员工自动离职的情况，用人单位应当遵循以下步骤和注意事项：
解除劳动合同通知书
向自动离职的员工邮寄解除劳动合同通知书，并通知工会。
办理离职手续
办理工作交接手续，确保工作连续性和公司资产的安全。
结清员工的工资以及可能需要支付的经济补偿金等费用。
出具解除劳动关系的证明，以便员工办理离职后的相关手续。
工资与经济补偿
根据《劳动合同法》，如果员工自动离职给企业造成损失，企业可以要求赔偿。
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限支付，每满一年支付一个月工资的标准。
社会保险与档案转移
办理离职员工的社保关系转移手续。
确保员工的档案得到妥善处理，并按规定转移或保存。
规章制度与员工权利
制定或更新公司规章制度，明确自动离职的定义和处理程序。
确保规章制度的制定和执行符合《劳动合同法》等相关法律法规的要求。
赔偿损失
如果员工自动离职违反了服务期协议、禁业限制协议或给企业造成了其他损失，企业可以依据法律规定和合同约定，向员工主张赔偿。
送达与记录
确保所有与解除劳动合同相关的文件，如通知书、证明等，都已经适当送达给员工。
保留所有送达记录和员工自动离职的相关证据，以备不时之需。
公告送达
如果无法通过正常方式送达，企业可以通过公告等方式通知员工，并保存好相关证据。
记录保存
对已经解除或者终止的劳动合同文本至少保存二年备查。
处理员工自动离职的过程中，企业应确保所有行为合法合规，并尽可能减少因员工自动离职而可能给企业带来的损失。同时，企业也应当尊重员工的合法权益，合理处理员工的离职事宜