退票扣除手续费的原因是多方面的，主要包括以下几点：
经济因素
运输公司在买票时会支付买票手续费，退票时扣除手续费可以弥补部分损失。
鼓励乘客维持行程
退票扣除手续费可以鼓励乘客在犹豫或非紧急情况下尽量维持原行程，以减少运输公司因退票而造成的调整成本。
防止恶意退票
过度减免或撤销手续费可能会引发恶意退票，引起运输公司经济损失。
平利益
运输公司需要平衡乘客权益与自身利益，合理扣除手续费可以保持公平，避免滥用退票政策。
运营成本
为了提供及时的退票服务，运输公司需要投入人力、时间和资源，扣除手续费可以补偿这些运营成本。
管理成本和风险折算
航空公司的运营和管理成本巨大，包括机票销售、客户服务、揽客成本等。退票时，航空公司需要重新安排座位，甚至可能需要采取补救措施来填充退票所留下的空缺，这些行为都需要额外的成本投入。收取手续费可以折算这些成本和风险。
提供价格保护
航空公司通常会提供不同的机票价格，包括超值特价票、优票和全价票等。退票时扣除一定的手续费，可以防止乘客滥用低价票，在购票时无论是否出行都选择更低价，导致航空公司无法合理经营。
调整市场需求和供应
退票率是航空公司重要的参考指标。通过收取手续费，航空公司可以激励旅客更加谨慎地购买机票，减少无故退票的情况，从而稳定市场需求和供应的平衡，提高运营效益。
法律依据
火车票退票要手续费有法律依据，如《合同法》第二百九十五条规定，旅客因自己的原因不能按照客票记载的时间乘坐的，应当在约定的时间内办理退票或者变更手续，逾期办理的，承运人可以不退票款，并不再承担运输义务。
综上所述，退票扣除手续费是为了保护运输公司的利益、维持服务品质，并平衡乘客权益和公司经济考量。这些措施有助于减少恶意退票行为，确保运输公司的正常运营和收益，同时也能促使乘客更加合理地安排行程。