税务局确实会对小公司进行查账，尽管小规模纳税人的企业可能面临较低的被检查几率。以下是几个关键点：
例行检查：
税务局可能会进行行业例行检查，以评估行业的税负率，并检查企业是否按照这一税负率缴纳税款。
系统预警：
如果企业的年报数据出现异常，如企业所得税的某些指标超标，税务局的系统可能会发出预警，导致税务检查。
举报和协查：
如果接到举报或者涉及案件协查，税务局可能会对企业账目进行审查，无论企业规模大小。
注销公司时的查账：
企业在注销时，税务局会查账，以确保所有税款已缴清，并审查是否存在职务侵占等问题。
小规模纳税人的特殊情况：
虽然小规模纳税人可能面临较低的被检查几率，但如果存在违法或违规行为，税务局仍然会对其账目进行审查。
因此，即使是小型企业，也应保持合规，确保账目清晰透明，避免不必要的税务风险。