转基因大豆可能存在的危害主要包括：
食品安全问题
长期食用转基因大豆可能对健康产生未知影响。
可能引起过敏反应，因为引入的新基因可能导致人体对某些蛋白质产生过敏。
某些营养成分可能减少，如蛋白质、维生素B2复合体和胆碱等。
环境影响
抗除草剂的转基因大豆可能导致农民过度使用除草剂，破坏土壤微生物平衡。
转基因作物的花粉可能传播到非转基因作物上，导致基因污染。
社会经济问题
种子垄断，农民购买种子的成本高，且不能自行留种，增加负担。
其他潜在风险
可能含有抗生素标记基因，这些基因进入人体后可能导致抗生素耐药性。
可能含有致癌物质，如黄曲霉素，长期摄入可能有害健康。
消化系统问题
可能加重胃肠负担，影响食物消化，引起恶心呕吐、腹胀、胃痛等症状。
内分泌影响
影响体内激素分泌，可能造成内分泌失调。
免疫系统影响
损害免疫系统，可能导致易感染疾病。
抗药性
可能导致人体对抗生素产生耐药性。
需要注意的是，适量食用质量合格的转基因大豆通常不会对人体造成明显危害，但过量食用或个体对转基因大豆成分过敏时，可能会出现上述问题。因此，建议在食用转基因大豆时注意控制摄入量，并关注食品安全信息