黄锐离开公司的主要原因包括：
与李飞意见不合：
黄锐和李飞在公司的经营理念和未来发展上存在严重分歧，这导致了他最终选择离开。
追求个人理想：
黄锐一直有独立于时代峰峻开展自己项目的想法。他离职时表示，自己希望做一些自己脑子里一直有的想法，并且全身心投入到这些项目中。
带走练习生：
黄锐在离职时带走了三位二代练习生，其中包括李飞喜欢的严浩翔，这一行为可能给公司带来了恐慌，影响了公司的发展。
合约问题：
黄锐原本承诺让练习生们直接出道，但因为合约问题，他们几乎一年没有公开镜头，这可能也是他离职的原因之一。
公司内部权力结构：
虽然黄锐是TFBOYS的推出者，但实际掌控人是李飞。这种权力结构可能也是黄锐选择离开的一个重要因素。
综合以上几点，可以看出黄锐的离开是多方面原因共同作用的结果。他既想追求自己的理想，也与公司内部存在不可调和的分歧。