朱祁镇杀害于谦的原因是多方面的，主要包括以下几点：
权力斗争
于谦支持朱祁钰登基，这使得原本应该是皇帝合法继承人的朱祁镇感到威胁，他需要通过除掉于谦来巩固自己的权力地位。
石亨、徐有贞等大臣与于谦存在过节，他们希望借此机会除去于谦，从而削弱朱祁钰的势力。
于谦的威望和才能
于谦在明朝危难之际表现出色，成功解救京城之危，其才能和威望使他成为朱祁镇的潜在对手，朱祁镇担心于谦会威胁到自己的统治。
于谦的威望和影响力使得他在民间拥有极高的支持度，这对朱祁镇的权力构成了潜在威胁。
政治需要
于谦在拥立朱祁钰为帝的过程中，实际上已经挑战了朱祁镇作为皇帝的权威，这使得朱祁镇感到自己的权力受到了威胁。
朱祁镇可能希望通过处死于谦来消除潜在的威胁，巩固自己的权力，并消除自己心中对于土木堡之变的屈辱记忆。
忠诚与背叛
朱祁镇被也先俘虏后，朝廷在大忠臣于谦的建议下改立朱祁钰为帝，这对朱祁镇来说是巨大的背叛，也促使他在夺门之变中做出了杀害于谦的决定。
舆论压力
当时舆论普遍认为于谦是无辜的，但朱祁镇为了自己的权力地位，不得不做出杀害于谦的决定，即使他知道于谦对国家有功。
综上所述，朱祁镇杀害于谦的决定是多种因素共同作用的结果，包括权力斗争、个人猜忌、政治需要以及对忠诚的忽视。尽管于谦在国家和民族危难之际做出了巨大贡献，但他的行为和挑战最终导致了他的悲剧结局。