摩托车驾驶证被扣分后的处理方式如下：
不满12分
缴清罚款后，记分会清除。
扣满12分
驾驶人需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
学习结束后，需参加考试。
考试合格后，记分清除，发还驾驶证。
考试不合格，需继续参加学习和考试。
拒不参加学习或考试，驾驶证将被公告停止使用。
罚款项（部分示例）：
摩托车载人超过核定载人数：罚款200元。
驾驶轻便摩托车载人：罚款50元。
使用摩托车牵引车辆：罚款100元。
摩托车违反规定停车：罚款100元。
占用非机动车道行驶：罚款50元。
超速处罚：根据超速比例，罚款50元至200元，并记3至6分。
严重违章处理（部分示例）：
未取得摩托车驾驶证驾驶摩托车：罚款2000元，拘留15日。
驾驶达到报废标准的摩托车：罚款2000元，吊销驾驶证，收缴摩托车。
驾驶拼装的摩托车：罚款2000元，吊销驾驶证，收缴摩托车。
驾驶无号牌的摩托车：罚款100元，扣12分。
故意遮挡、污损摩托车号牌：罚款200元，扣12分。
处理违章的一般流程是到交管所或交警部门违章处理窗口处理，并在15天内通过指定银行缴纳罚款。
请根据具体情况选择合适的处理方式。