支付运费应根据具体情况计入不同的会计科目：
销售费用：
当运费与销售活动直接相关时，例如销售商品时支付的运费，应计入销售费用科目。
管理费用：
与管理活动相关的运费，例如管理部门发生的运费，应计入管理费用科目。
原材料成本：
当运费与原材料的购进直接相关时，例如购买原材料时支付的运费，应计入原材料成本科目。
固定资产成本：
用于购买固定资产支付的运费应计入固定资产成本。
在建工程：
如果运费支出与资本化项目相关，则应进行资本化处理。
物流费用：
如果公司使用了物流服务提供商，则可以将运输费用计入物流费用科目。
运输费用：
通常用于记录公司为了将货物从供应商处运送到客户处而支付的运输费用。
制造费用：
生产部门发生的运费，应计入制造费用科目。
应付账款：
如果使用的是运输公司的服务，可能需要先支付一部分费用，然后再付清余下的费用，这种情况下，预付款可以计入应付账款科目。
存货成本：
如果运费直接与存货相关，可以计入存货成本科目。
会计分录示例：
销售商品支付运费：
```
借：销售费用
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
```
购进货物支付运费：
```
借：库存商品/原材料
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
```
请根据实际情况选择合适的科目进行记账