过氧化物酶体与溶酶体是两种不同的细胞器，它们的主要区别在于所含物质、作用机制和形成过程：
所含物质不同
过氧化物酶体含有约40种氧化酶和触酶，主要功能是催化脂肪酸β-氧化，将超长链脂肪酸分解为短链脂肪酸。
溶酶体含有多种水解酶，用于分解细胞内外的物质，如通过吞噬作用消化细胞外物质或细胞内损坏的细胞器。
作用不同
过氧化物酶体的主要作用是参与脂肪酸的代谢过程，特别是超长链脂肪酸的分解。
溶酶体的作用是细胞内的消化器官，可以消化细胞外摄取的物质，也可以消化细胞自身的组成部分。
形成过程不同
过氧化物酶体的蛋白质在细胞核中编码，在细胞质基质中产生，然后通过信号分选进入过氧化物酶体内。
溶酶体通常是由高尔基体的反面出芽形成的，含有酸性水解酶，pH值维持在5左右，不需要氧气。
其他特征
溶酶体具有酸性环境（pH约为5），含有酶晶体，并且通过质子泵维持其酸性。
过氧化物酶体中的酶不需要氧气，其pH值接近中性（约7），并且不含DNA。
这些区别使得过氧化物酶体和溶酶体在细胞生物学中各自扮演不同的角色，共同维持细胞的正常生理功能