《最好的我们》中耿耿和余淮的结局是 在一起的。两人在经历了高中时期的感情，以及余淮因家庭变故而离开后，十年后再次相遇。耿耿一直未能忘记余淮，而余淮在经历了一系列的困难和挑战后，也变得更加成熟和坚强。最终，耿耿在医院探望余淮的母亲后，两人坦诚相对，余淮被耿耿的坚持所感动，两人决定重新开始他们的感情。
具体情节如下：
高中时期：
耿耿和余淮是高中同学，两人感情深厚，但余淮因母亲患病而选择放弃去外地读大学的机会，不想连累耿耿，最终选择离开。
十年后的重逢：
耿耿和余淮分别多年后再次相遇，耿耿发现余淮因为家庭变故变得自卑，但她依然选择争取这段感情，最终两人约到晚秋高地见面，余淮赴约，两人相视一笑，决定重新开始。
共同面对困难：
余淮因为母亲旧疾复发，再次放弃了来之不易的深造机会。耿耿在医院了解余淮的十年经历后，决定陪他共渡难关。两人互发短信表示支持，余淮深受感动，前往晚秋高地与耿耿相见，两人面带微笑注视彼此，一切尽在不言中。
因此，可以确定耿耿和余淮在故事的最后是幸福地在一起的。