补交土地出让金的计算方法主要依据土地的实际成交价格以及土地的性质和交易情况。以下是具体的计算步骤和注意事项：
实际成交价与基准地价的关系
若土地有实际成交价，且该成交价不低于所在级别基准地价平均标准，则补交的土地出让金按照成交价的40%计算。
若土地的实际成交价低于基准地价平均标准，则补交的土地出让金按照全部地价的40%计算。
划拨土地使用权的补办出让
对于发生转让的划拨土地使用权补办出让时，土地出让金按照基准地价平均标准的40%计算。
土地使用权受让人异议的处理
如果土地使用权受让人对计算出的土地出让金数额有异议，可以委托有资质的土地估价机构进行评估，然后按照评估价的40%计算补交土地出让金。
特定情况下的额外费用
对于住宅、商业、工业等不同用途的土地，出让金标准有所不同，且可能涉及额外的溢价费用，这些溢价费用根据市场情况和土地稀缺性确定。
历史遗留问题的处理
对于1990年以前取得的个人住房土地使用权，转让时应补交的土地出让金按签订出让合同之日的标定地价的30%收取；1990年及以后取得的，按签订出让合同之日的标定地价的60%收取。
对于已购公有住房和经济适用房，按规定允许转让的，按签订出让合同之日的标定地价的10%收取。
建议
详细咨询当地土地管理部门：由于不同地区的具体政策和计算方法可能存在差异，建议在具体操作前咨询当地土地管理部门或专业土地估价机构，以确保计算的准确性和合法性。
保留相关文件：在补交土地出让金的过程中，应妥善保留所有相关的合同、评估报告和政府批文等文件，以备后续可能的审查或核对。