吴佩孚的死因存在一些争议。根据可靠的历史资料，吴佩孚在1939年12月4日因牙疾复发和高烧不退，请日本牙医治疗后不幸去世。然而，当时及之后的一些说法认为他的死可能与日本特务有关，甚至有传言称他被日本人害死。尽管缺乏直接证据，这些猜测使得他的死因成为一个谜。
吴佩孚在抗日战争期间拒绝与日本合作，因此在日本占领区北平（现北京）生活时，确实面临一定的风险。他被认为是一个民族主义者，并在一定程度上抵抗了日本人的拉拢。
总的来说，吴佩孚的死因并没有确凿的历史证据支持日本特务暗杀的说法，但他的去世确实与日本人有所关联，并且他的死引起了广泛的关注和猜测。