清关文件通常包括以下几类：
提单（Bill of Lading, B/L）
提单是货运代理公司或船公司向发货人签发的一种承运凭证，证明货物已经装船或已经交付承运人运输。提单上要注明货物的名称、数量、重量、体积、包装方式等信息，以及发货人、收货人、目的港等信息。提单是提取或装船货物的必要条件。
商业发票（Commercial Invoice）
商业发票是发货人向收货人开具的一种商业凭证，证明货物已经交付或已经销售。发票上要注明货物的名称、规格、数量、单价、总价等信息，以及发货人、收货人、原产地等信息。发票是海关对进出口货物进行分类、估价和征税的依据。
装箱单（Packing List）
装箱单是发货人向收货人开具的一种详细说明货物包装情况的单据，证明货物已经按照约定的方式进行了包装。装箱单上要注明每个箱子或包裹中所含有的货物名称、数量、重量等信息，以及箱号、标志等信息。装箱单是海关对进出口货物进行查验和核对的依据。
合同（Sales Contract）
合同是发货人和收货人之间签订的一种约定双方权利和义务的法律文件，证明双方已经达成了交易协议。合同上要注明双方的名称、地址、联系方式等信息，以及货物的名称、规格、数量、价格、交付方式、付款方式等信息。合同是海关对进出口货物进行监管和审查的依据。
原产地证明（Certificate of Origin, CO）
原产地证是指由原产国或地区政府部门或其授权机构签发的证明进出口商品原产地或地区的文件，证明商品符合原产地或地区规则。原产地证上要注明商品的名称、规格、数量等信息，以及原产国或地区名称等信息。原产地证是海关对进出口商品享受优惠税率或限制进口措施等政策措施的依据。
进口许可证或批准文件
某些货物可能需要获得特定的进口许可证或批准文件，例如药品、武器等。这些文件通常由进口商事先向相关政府部门申请。
质量证书和环保证书
根据货物的实际情况和日本海关的要求，可能需要提供质量检验证书、环保证书等，以证明货物符合相关标准和要求。
其他特定文件
根据具体货物和进口国家的不同，可能还需要提供其他特定文件，例如卫生证书、植检证、熏蒸证书等。
建议在准备清关文件时，仔细查阅相关国家的具体要求和规定，并咨询专业的清关代理或律师以确保文件的完整性和合规性。