合肥拥有多家研究所单位，其中包括但不限于以下机构：
中国科学院合肥物质科学研究院
包含多个研究所，如安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所、合肥智能机械研究所等。
专注于等离子体物理、生物物理、转化医学、先进诊疗技术、磁约束核聚变工程、智慧农业技术等研究领域。
中国电子科技集团下属研究所
第38研究所（华东电子工程研究所）：专注于军事电子、信息产业等综合电子信息技术的研制和生产。
第16研究所（合肥低温电子研究所）：研究低温与制冷、超导电子、微波器件等领域。
第43研究所：中国唯一专注于混合微电子的专业研究所，致力于混合集成电路（HIC）的研制与生产。
其他研究所
安徽省药物研究所
安徽省科隆药物研究所
安徽省科宇药物研究所
安徽农业大学中药与天然药物研究所
这些研究所在各自的领域具有显著的专业优势，为合肥的科技创新和快速发展提供了重要支撑