我国重点治理的三湖是 太湖、滇池和巢湖。这三个湖泊均属于我国五大淡水湖之列，并且因其水质问题或地理位置的重要性而受到国家的重点治理。
太湖：
太湖是中国五大淡水湖之一，位于江苏省南部，对苏南地区的繁荣起到了重要作用。自2007年起，太湖治污已经进行了十年，水质总体上有所改善，并保持了稳中向好的态势。
滇池：
滇池是云南省最大的淡水湖，被誉为“高原明珠”。自上世纪90年代中期以来，国家和云南省、昆明市一直在积极治理滇池，已经取得了一定的成效。
巢湖：
巢湖也是我国五大淡水湖之一，位于安徽省中部。预计到2035年，巢湖的生态环境将得到根本性的改善。
综上所述，太湖、滇池和巢湖因其重要的生态地位和环境问题，被列为我国重点治理的三湖。