团藏杀死止水的原因是多方面的，主要包括以下几点：
止水的别天神瞳术：
止水拥有万花筒写轮眼，能够发动别天神，这是一种能够永久改变他人意识的强大幻术。团藏认为，如果止水使用别天神，可能会改变宇智波一族甚至火影的意识，这对团藏的计划构成巨大威胁。
团藏的野心：
团藏作为火影中的强硬派和阴谋家，一直谋求在木叶村统治阶层中提升自己的地位。他需要通过获取写轮眼和移植柱间细胞来增强自己的实力。宇智波一族的叛乱为团藏提供了一个收集写轮眼的机会，而止水作为唯一对外公开拥有万花筒写轮眼的忍者，自然成为团藏的首要目标。
消除隐患：
团藏认为止水虽然忠诚，但他是宇智波一族的人，一旦他的意识被修改，可能会引发宇智波一族的叛乱。为了消除这个隐患，团藏选择杀死止水，夺走他的眼睛。
利用止水：
团藏可能计划利用止水的死亡来挑起宇智波一族的反叛，从而有理由对宇智波一族进行彻底清洗。他可能认为，止水的死会导致宇智波一族内部的分裂和混乱，从而削弱其力量。
性格因素：
止水为人谦和，对其他没有防备心，这使得团藏能够轻易地偷袭并成功夺走他的眼睛。如果止水对团藏有戒心，团藏可能无法轻易得手。
剧情需要：
从剧情的角度来看，止水的死也是岸本齐史为了推动故事发展而做出的安排。止水的牺牲不仅增加了故事的悲剧色彩，也使得团藏和鼬之间的对立更加鲜明。
综上所述，团藏杀死止水主要是出于对别天神瞳术的恐惧、实现自己政治野心的需要，以及利用止水的死亡来挑起宇智波一族的叛乱。