孙果杀害李凤仪的原因可以从因果法则的角度来解释。根据提供的信息，李凤仪在前世是一名日本兵，因此她今生需要偿还前世所种下的恶因。她希望通过自己的死来抓住凶手，让凶手承担杀死她的罪孽，从而偿还前世的恶因。孙果作为一个杀人犯，已经种下了杀人的恶因，如果孙果伏法，那么杀人的罪孽就会在他这里终止。
了因作为一个能够看到因果的人，多次救下李凤仪，并了解到李凤仪和小翠的因果报应。了因知道，如果自己杀掉孙果，将会种下新的恶果，并可能在下一世受到恶报。因此，了因选择不直接杀掉孙果，而是将孙果交给警察处理，让法律来对孙果进行审判和惩罚。
综上所述，孙果杀害李凤仪可以理解为李凤仪在偿还前世作为日本兵所种下的因果，而了因则遵守因果法则，不直接干预，而是让法律来处理孙果的罪行。