我惠集团是否合法，需要根据其具体的运营模式和相关法律法规来判断。根据提供的信息，以下是关于我惠集团合法性的几点分析：
合法性
我惠集团拥有合法的营业手续和完善的企业架构，且按章纳税，这表明它至少在形式上是合法的。
传销嫌疑
有关于我惠集团涉嫌传销的指控，根据《禁止传销条例》，传销行为通常涉及发展人员、通过发展人员数量或销售业绩计算报酬，或要求交纳费用取得加入资格等。如果我惠集团的运营模式符合这些特征，那么它可能被视为传销。
电子商务合规性
对于电子商务公司，如我惠云店电子商务有限公司，拥有EDI经营许可证是合法合规的必要条件，这表明其网络交易受到国家法律法规的保护。
公司性质
我惠集团被描述为个人股份制民营性质的公司，如果其业务运作合法且人性化，可能被视为对社会有益。
总结来说，不能简单地断定我惠集团是否合法，需要深入分析其具体的运营模式和相关法规。如果您需要更详细的信息，建议咨询法律专业人士或相关部门