麦哲伦的死因存在多种说法，以下是几种较为可信的解释：
被土著人砍死
1521年4月27日，麦哲伦在菲律宾的麦克坦岛被土著人活活砍死，他的尸体被切成碎片，漂浮在海滩附近的水面上。其余船员因害怕而不敢靠近。
在战斗中被杀
麦哲伦试图干涉岛上的内讧，在一次战斗中被打败并死亡。他的助手卡诺带领剩下的两条船逃离，最终越过马六甲海峡回国。
因饥饿和冲突而死
麦哲伦在长期的航行后，因饥饿与当地居民发生冲突，最终战死。他的船队后来继续向西航行，完成了人类首次环球航行。
被毒箭射中
1521年4月27日，麦哲伦在麦克坦岛遇袭，尽管穿着胸甲和头盔，但仍被土著人的一支毒箭射中大腿，随后又被标枪和木矛击中，最终被大弯刀砍死。
综合以上信息，最可信的说法是麦哲伦在菲律宾的麦克坦岛被土著人砍死。他的死与他的殖民主义行为、干涉岛上内讧以及饥饿和冲突有关。尽管存在多种说法，但这一事件的历史背景和细节得到了广泛认可。