运管部门认定非法营运主要依据以下两个方面：
经营行为的合法性：
非法营运通常表现为一种未经许可的经营活动，即未取得相关主管部门核发的营运证件而擅自从事运输服务。运管部门会审查相关经营行为是否具备合法性，包括是否有合法的营业执照、是否超出经营范围等。
车辆营运资质：
非法营运车辆通常属于非营运车辆，即未按规定领取营运证件或超越核定范围进行经营。这些车辆往往不具备从事运输服务的必要条件和安全保障措施。运管部门会核查车辆的营运资质，包括车辆是否在有效期内、是否按规定进行了年检、是否具备必要的营运设备等。
除了以上两个方面，运管部门在认定非法营运时还会结合具体案件情况，考虑其他相关因素，如经营者的经营行为是否持续、是否以营利为目的等。对于涉嫌非法营运的当事人，运管部门会依法调查取证，包括收集书证、物证、视听资料等，以确保证据确凿、充分。
需要注意的是，非法营运的认定需要满足两个基本条件：一是经营行为，二是车辆属于非营运车辆。只有同时满足这两个条件，才能被认定为非法营运。