赛里木湖是 淡水湖。虽然有时被误认为是咸水湖，但根据科学的水质监测数据和湖泊分类标准，赛里木湖的湖水平均矿化度为2.8‰，这一数值介于淡水湖和咸水湖之间，因此被归类为微咸水湖，也被称为半咸水湖或淡咸水湖。
赛里木湖的水质清澈透明，富含氧气和各种矿物质，这使得它在生态上具有重要价值，并为游客提供了绝佳的游玩体验。湖泊周边的山脉和冰川为湖水提供了丰富的水源，主要来自于雪山融水及周围的地表水，随着水的流入，湖泊中的盐分相对较少，从而保持了淡水湖的特性。
此外，赛里木湖是新疆海拔最高、面积最大的高山湖泊，被誉为“大西洋最后一滴眼泪”，其淡水的特性使得它成为一个独特的生态系统，支持着多种水生生物的生存。