严世蕃的眼睛瞎的原因可以从历史记载和剧中情节两个方面来理解：
历史记载
据《明史·奸臣传·严世蕃》记载，严世蕃“眇一目”，即天生瞎了一只眼睛。
历史上严世蕃的相貌描述为“短项肥体”，并没有具体说明眼睛瞎的原因。
剧中情节
在电视剧《锦衣之下》中，严世蕃的眼睛被描绘为被今夏的小姨林菱用簪子刺伤后变成了异瞳。
剧情中严世蕃对林菱有特殊的感情，而林菱因为家族被灭而对严世蕃怀有仇恨，并试图刺杀他。
综合以上信息，可以得出结论：
在历史上，严世蕃天生瞎了一只眼睛。
而在电视剧《锦衣之下》中，严世蕃的眼睛瞎是因为剧中设定的情节，被剧中人物林菱刺伤所致