长门杀害自来也的原因可以归纳为以下几点：
对木叶的怨恨：
长门的父母被木叶忍者误杀，他因此对木叶村和忍者制度怀有深深的怨恨。
弥彦死后的心理变化：
弥彦的理想是通过和平手段改变忍界，但弥彦的死让长门对和平产生了怀疑，并认为只有通过痛苦和力量才能实现真正的和平。
对和平理想的极端信仰：
长门为了追求自己极端的和平观，不惜一切代价，包括杀害自来也，以消除可能的阻碍。
防止情报泄露：
自来也前往雨隐村刺探情报，了解到晓组织的秘密，长门清楚一旦情报传回木叶，晓组织的计划将面临巨大风险，因此选择在自来也传递情报前将其杀死。
战略考虑：
长门的目标之一是收集尾兽，而九尾位于木叶，为了实现这一目标，他需要确保没有情报泄露，因此必须除去可能泄露情报的自来也。
个人意志的继承：
长门相信自己是唯一能使用轮回眼力量拯救世界的人，他担心自来也的和平理念会威胁到自己的计划。
对老师的误解：
长门曾信任并尊敬自来也，但后来对自来也的期望未能实现，产生了失望和背叛感，进而转化为敌意。
自我保护：
长门可能感觉到自来也是对自己地位和计划的一个潜在威胁，为了保护自己和晓组织的计划，他必须消除这个威胁。
以上因素综合作用，导致长门在心理和战略上做出了杀害自来也的决定