酵母菌的繁殖方式主要分为无性繁殖和有性繁殖两大类：
无性繁殖
芽殖：
酵母菌细胞长出一个小芽，芽细胞长到一定程度后脱离母细胞继续生长，形成新个体。
裂殖：
少数酵母菌通过细胞横割分裂而繁殖。
芽裂：
母细胞在一端出芽，并在芽基部形成隔膜，子细胞呈瓶状。
掷孢子：
某些酵母菌如 Sporobolomyces能在卵圆形营养细胞上长出小梗，其上产生肾形的掷孢子。
厚垣孢子：
某些酵母菌如Candida albicans能在假菌丝的顶端产生具有厚壁的厚垣孢子。
有性繁殖
子囊孢子：
在营养状况不好时，一些可进行有性生殖的酵母会形成孢子（通常是四个），在条件适合时再萌发。
酵母菌通过这些繁殖方式在适宜的环境中快速生长和扩散，在食品工业、发酵工业等领域有着广泛的应用