根据劳动法规定，用人单位在处理员工迟到扣工资的问题时，应遵循以下原则：
扣款上限：
迟到被扣除的工资最多不能超过基本工资的20%。
最低工资标准：
扣款后当日工资不得低于当地最低工资标准的80%。
规章制度：
用人单位应依法制定合理的规章制度，并通过民主程序制定并向员工公示。
经济损失赔偿：
如果因劳动者原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。
法院核算：
法院在审理相关案件时，会核算劳动者实际缺勤时间对应的工资，并判断用人单位扣除的工资是否合理。
举例来说，如果一个员工的月薪为6525元，每天工作8小时，月工作天数为21.75天，则其日工资为300元，时薪为37.5元。如果员工迟到一小时，公司可以不发一小时工资，即扣除37.5元，员工当天工资剩余262.5元。
需要注意的是，具体的扣款标准应依据用人单位的内部规定和劳动合同中的约定来确定，并且必须合理且符合当地劳动法律法规