住房公积金的扣除方式主要有以下几种：
工资代扣
用户的月薪中将直接扣除相应的住房公积金还款金额。
雇主会将还款金额从用户的工资中扣除，并将其支付给住房公积金管理机构或指定的银行。
银行自动划扣
用户可以与住房公积金管理机构或指定的银行签订协议，授权银行直接通过用户的银行账户中自动划扣相应的还款额。
每月指定日期，银行将自动从用户的账户中划扣还款额。
自行缴款
用户也可以选择在规定的还款期限内，以现金或其他指定方式亲自向住房公积金管理机构或指定的银行进行还款。
用户需要定期将还款金额存入指定的缴款渠道或窗口。
住房公积金的扣除比例和基数
缴存比例
单位和个人缴存比例均不得低于缴存基数的5%，也不可以多于缴存基数的20%。
缴存基数
住房公积金的缴存基数最高不得超过市统计部门公布的职工月平均工资的3倍。
最低不得低于2014年市人社部门规定的职工最低社会保险费征收基数。
公积金贷款的扣款流程
启动资金
在还款卡里存入一个月的还款，作为启动资金。
自动划扣
到还款日，银行把这部分还款划走，然后受委托从公积金账户中提取出一个月的月还款，转入还款卡中。
下个月再扣就扣这部分从公积金账户中转出来的钱，如此往复。
注意事项
扣款日
需要在合同约定的还款日将还款额足额存入还款账户中，以免造成逾期。
自由还款方式
借款人可以通过呼叫电话委托系统查询下一还款日至少应偿还的贷款金额，并通过呼叫电话委托系统或到贷款业务部门签定《借款人调整月还款额通知书》确定下一还款日的还款额。
建议
及时查询公积金账户
职工应定期查询公积金账户，了解公积金的缴存和扣款情况，确保账户余额充足。
选择合适的扣款方式
根据个人情况选择工资代扣、银行自动划扣或自行缴款，确保按时还款，避免逾期。
通过以上信息，希望能帮助您更好地了解住房公积金的扣除方式和流程。