在舟山群岛中，以下几个岛屿的海水被认为是最干净的：
普陀山：
普陀山是舟山群岛中最知名的岛屿之一，也是中国佛教圣地。普陀山的海水被认为是非常干净的，清澈见底。游客可以在普陀山的沙滩上欣赏到清澈的海水和美丽的海岛风光。
舟山本岛：
舟山本岛是舟山市的主岛，也是舟山群岛的核心。这里的海水也被认为是较干净的，尤其是一些较为偏远的海滩和海湾，如东极岛、朱家尖等。
嵊泗列岛：
嵊泗列岛是舟山群岛中的一个重要景区，包括嵊泗县和岱山县。这里的海水质量较好，尤其是在一些较为隐蔽的海湾和海滩，如枸杞湾、大洋山等。
花鸟岛：
花鸟岛位于浙江舟山嵊泗列岛的最北面，四季鲜花不绝，海水特别干净，有远东第一大灯塔和蓝色的荧光海滩，是一个具有爱情海风情的秘密花园。
朱家尖岛：
朱家尖岛位于中国浙江舟山群岛东南部，以其独特的地理环境、丰富的海洋资源和悠久的人文历史而闻名。岛上的南湾海滩沙质细腻，水质清澈，是游客休闲嬉水的好地方。
桃花岛：
桃花岛有沙滩，海水还算蓝，沙滩也干净，但海水颜色偏黄。
东极岛：
东极岛因电影《后会无期》而带火，海水湛蓝，堪比东南亚，是一个风景优美的岛屿。
综合以上信息， 普陀山、 舟山本岛、 嵊泗列岛、 花鸟岛、 朱家尖岛和 东极岛的海水都被认为是非常干净的。具体哪个岛屿的海水最干净可能因个人感受和偏好而有所不同，建议您根据自己的兴趣和实际情况选择合适的岛屿进行探访。