日本人的祖先主要是绳文人与弥生人的后代。绳文人是日本本土的原住民，而弥生人则被认为是从大陆经过朝鲜来到日本，并带来了文字、工具、农业等文明要素。根据科学研究，现代日本人的祖先可能来源于中国的河北和河南地区，这一结论是基于对日本人和中国北方汉族的基因序列进行比较后得出的。
还有其他一些关于日本人祖先的理论，例如阿伊努人可能是日本人的祖先，或者徐福带领的3000童男童女东渡到日本岛的说法。然而，这些理论并没有得到广泛的科学支持。
需要注意的是，尽管日本与中国有着紧密的文化和历史联系，但日本人的祖先问题是一个复杂的科学问题，目前并没有确凿的证据能够证明一个单一的来源。科学研究仍在继续，未来可能会有更多关于这一问题的发现