根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定,工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人,用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此,一般情况下,如果员工自动离职(即不告而别),用人单位不得克扣劳动者的工资。
然而,如果员工自动离职给用人单位造成了经济损失,用人单位可以要求员工按照劳动合同的约定赔偿经济损失。在这种情况下,经济损失的赔偿可以从劳动者的工资中扣除,但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资部分低于当地的月最低工资标准,则应当按照最低工资标准支付。
请注意,如果员工没有提前通知用人单位就擅自离职,这可能被视为违法解除劳动合同,用人单位可以要求员工承担相应的赔偿责任。