卡卡西在《火影忍者》的故事中确实曾经拥有过写轮眼，但根据提供的信息，他在某些时候失去了写轮眼，并在其他时候又重新获得了写轮眼的力量。以下是相关情况的梳理：
1. 卡卡西的写轮眼最初来自于他的好友宇智波带土。
2. 在第四次忍界大战期间，卡卡西的写轮眼被斑夺走。
3. 后来，鸣人帮助卡卡西复原了眼睛，但此时他已经不再是写轮眼，而是普通的眼睛。
4. 在《博人传》中，带土的灵魂能量附身于卡卡西，使得他短暂地使用了须佐之男，但之后卡卡西的眼睛又恢复了正常。
综上所述，卡卡西在《火影忍者》的故事中有时会使用写轮眼，有时则没有。他的写轮眼能力对他来说是一个强有力的武器，即便在失去写轮眼之后，他依然能够使用之前复制过的忍术。