综合计算工时制下计算加班工资的标准如下：
工作日加班
加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷ （月计薪天数21.75 × 8小时） × 150%
休息日加班
加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷ （月计薪天数21.75 × 8小时） × 200%
法定节假日加班
加班工资标准 = 劳动合同规定的月工资标准 ÷ （月计薪天数21.75 × 8小时） × 300%
请注意，综合计算工时制是以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。如果综合计算周期内的总工作时间超过法定标准工作时间，超出部分应视为延长工作时间，并按照上述标准支付加班工资。
另外，根据规定，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
以上信息基于最新的参考资料，并依照《中华人民共和国劳动法》和相关地方规定整理得出