镇江站和镇江南站的主要区别在于它们的位置和服务的线路不同：
位置不同
镇江站位于江苏省镇江市润州区中山西路73号，靠近市区，邻近万达广场。
镇江南站位于江苏省镇江市丹徒区站前北路，距离市区较远，位于312国道旁。
线路不同
镇江站主要服务沪宁城际铁路上的车次。
镇江南站主要服务京沪高速铁路上的车次。
两站之间相距大约5.04公里。镇江站是镇江历史最悠久的车站，同时也是一个重要的交通枢纽，接发沪宁城际高铁、连镇高铁、京沪铁路的车次。而镇江南站则是一个专为京沪高铁设计的车站，主要服务长途高铁，有发往云南、贵州、北京、东北等地的列车