朱元璋在明朝初年所杀的蒙古人数量，根据历史记载和专家考证，并没有一个确切的数字。元朝灭亡时，蒙古人在中原的人口并不多，据萧启庆先生的研究，元代人口约为一亿两千万，而入居中原的蒙古族人至多不过三十余万。元顺帝北逃时带走六万人，留在中原的蒙古人约有三十余万。
在朱元璋推翻元朝统治后，并没有大规模屠杀蒙古人，而是采取了相对宽容的政策。例如，在处理北伐俘虏时，朱元璋释放了所有的北伐俘虏，包括十万蒙古女人，这在当时引起了一些官员的不满，他们认为应该将这些蒙古女人杀掉以雪前耻。然而，朱元璋认为释放俘虏有利于稳定新朝政局，并展示了其长远的战略眼光。
因此，不能简单地说朱元璋杀了多少蒙古人，但可以确定的是，在明朝初期，朱元璋并没有对蒙古人进行大规模杀戮，而是采取了相对温和的政策。