在夫妻离婚时，如果双方有两个女儿，法院在判决抚养权时通常会考虑以下因素：
孩子的年龄
两周岁以下的女儿一般随母亲生活，除非有特殊情况，如母亲患有严重疾病等。
两周岁到八周岁之间的女儿，法院会依据最有利于未成年子女的原则判决。
八周岁以上的女儿，法院会尊重其真实意愿。
双方父母的抚养能力和条件
法院会综合考虑双方的工作收入、家庭环境、身体状况等因素，以确定哪一方更适合抚养孩子。
双方父母的协商结果
如果双方能够就孩子的抚养权达成协议，法院通常会按照双方的意愿判决。
如果协商不成，法院可能会判决一人抚养一个女儿。
特殊情况
如果一方父母无法提供适宜的抚养条件，或者存在其他特殊情况，法院可能会作出相应的调整。
最终，法院的判决会本着对女儿最大权益的保护，并参考《民法典》等相关法律规定作出。