南京最穷的区是 建邺区。根据2016年前三季度南京市各区的GDP总值排名，建邺区GDP为143.84亿元，排名第11位，是南京最穷的区。此外，2014年的数据也显示，建邺区同样是最穷的区，GDP为143.84亿元，排名同样为第11位。虽然2011年六合区的经济总量为692.35亿元，但其人均GDP为7.8万元，约合12084美元，与建邺区相比，经济状况相对较好。
需要注意的是，这些数据来自不同年份的统计，可能会有所变化。而且，GDP数据并不能完全反映一个区域的经济状况，因为不同区域的人口、面积、产业结构等因素都会影响其经济表现。因此，虽然建邺区在GDP排名中位列最后，但南京其他区域如江宁区和雨花台区等在某些方面可能也有其独特的经济优势。