南昌起义时佩戴红领巾的主要原因是为了在作战中与敌人区分开来。当时，起义部队尚未有统一的军服，且多数成员为国民革命军的官兵，穿着与敌军相似的服装。为了在夜间作战时能够准确识别敌我，起义军采取了以下措施：
佩戴红领巾：
起义官兵在脖子上系上红领带，以代表红色的革命和区分敌我。
绑上白毛巾：
在臂上绑上白毛巾，作为辅助标识。
使用特殊标志：
起义军手中的马灯和水壶等照明工具上贴上红十字标志，进一步增强辨识度。
这些标识在夜间非常醒目，易于携带和隐藏，有效帮助起义官兵在战斗中区分敌我。佩戴红领巾不仅是实际作战的需要，也象征着革命队伍与旧时代的决裂，预示着中国革命即将迎来新的方向。
因此，南昌起义时佩戴红领巾的主要原因是为了在作战中区分敌我，以及表达革命的象征意义。