黄药师的死因在金庸的小说中并没有明确的描述。根据提供的信息，黄药师在小说中有几个可能的结局：
殉情而死：
有说法认为黄药师在失去爱妻冯蘅后，决定殉情而死，打造了一艘花船，但最终没有离开，而是抚育女儿黄蓉，直到襄阳城破后，才下定决心离开。
被围困而死：
另一个说法是黄药师被玄冥二老的师傅致虚子和青衣帮围困，在筋疲力尽时被杨过的养子杨思忘救出，但在看到杨思忘展示弹指神通后，黄药师说了“成了”两个字后便去世了。
阵法入道：
还有资料提到，黄药师在襄阳大战中从“二十八宿大阵”中获得了大道之机，隐居桃花岛十三年，最终以阵法入道，但不幸的是，在他道成之日，他的女儿女婿郭靖和黄蓉殉难。
失踪：
还有说法称黄药师在某个时候失踪，乘着花船驶向大海，最终沉船而去。
金庸对于黄药师的结局留给读者许多想象空间，没有明确交代死因，可能是为了让读者自由发挥想象，增加故事的趣味性。因此，黄药师的死可以说是开放的，留给读者许多解读和想象的空间