电影《赤道》的结局意味着香港大学物理学教授肇志仁的真实身份被揭露，他实际上就是地下军火走私商“赤道”。在剧情中，李彦明试图找到赤道并揭露其身份，但最终被赤道杀害。随后，国家局领导在火车上找到了肇志仁，并揭露了他的赤道身份。肇志仁与同伙宋鞍为了逃避追捕，逃到了京都，故事在这里画上了句号。
影片通过这一结局，展现了中、韩、港三方面虽然表面上目标一致，即追捕赤道并防止武器和机密泄露，但实际上各有各的盘算和目的。崔民浩、宋鞍和李彦明等角色在追求正义的过程中，不仅要面对跨国追捕的紧张局势，还要处理反恐部队面临的巨大挑战。