当企业的进项发票丢失时，应当采取以下步骤进行处理：
核实情况
确认丢失的进项发票代表的具体经济关系和现实情况。
记录丢失发票的详细信息。
报失
向发票管理机构报告丢失情况。
重新获取发票
如果发票已认证相符，可使用专用发票发票联复印件留存备查。
如果发票未认证，需要先进行认证，然后使用认证后的记账联复印件。
申请补票
向税务机关申请补开发票。
税务处理
如果进项税额已缴纳，可凭记账凭证和缴款凭证申请重开发票。
如果进项税额未缴纳，需重新计算抵扣税额。
加强管理
审查和改进发票管理和存储流程，确保凭证安全存放。
采用现代化信息技术建立发票管理平台，提高管理效率。
法律依据
根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法规，妥善处理丢失发票的相关事宜。
请根据具体情况采取相应措施，并咨询当地税务机关以获得更详细的指导和帮助