非法扣押车辆的赔偿方式主要包括以下几个方面：
停运期间的损失
如果因为扣押车辆导致停运，赔偿标准可以参照车主本人运营该车的前六个月的经营收入。
如果车主无法举证，赔偿标准可以参考当地上年度运输行业收入标准来确定。
维修费用
维修被损坏车辆所支出的费用。
物品损失
车辆所载物品的损失。
施救费用
车辆施救费用。
重置费用
因车辆灭失或者无法修复，为购买交通事故发生时与被损坏车辆价值相当的车辆重置费用。
替代性交通工具费用
非经营性车辆因无法继续使用，所产生的通常替代性交通工具的合理费用。
其他费用
根据实际情况可能还包括其他相关费用。
法律依据
《中华人民共和国治安管理处罚法》第二十三条：非法扣押车辆属于违法行为，可能会受到警告、罚款或拘留等处罚。
《中华人民共和国刑法》：非法扣车行为如果涉及欺骗、暴力或胁迫，可能构成侵占罪、抢劫罪或敲诈勒索罪，面临刑事处罚。
《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十五条：车主可以依据法律条文，要求侵权人对因非法扣押车辆造成的损失进行赔偿，包括维修费、物品损失、施救费用、重置费用、停运损失以及非经营性车辆的替代交通费用。
《中华人民共和国国家赔偿法》第四条：行政机关及其工作人员在行使行政职权时违法对财产采取查封、扣押、冻结等行政强制措施的，受害人有取得赔偿的权利。
建议
如果车辆被非法扣押，车主应首先向公安机关报案，并尽可能收集相关证据，如车辆经营收入证明、维修发票等。
可以通过民事诉讼途径向法院提起诉讼，要求非法扣押者赔偿上述各项损失。
如果扣押行为涉及刑事犯罪，应及时向公安机关报案，以便依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。