南明不被正史承认的主要原因可以归纳为以下几点：
政权不稳定：
南明存在期间，政权更迭频繁，没有形成稳定的行政体系。南明由多个政权组成，包括弘光、鲁王、隆武、邵武、永历等，但这些政权都未能实现对南方的统一，只是短暂地偏安一隅。
缺乏统一疆域：
南明政权没有稳定的疆域，一直处于流动作战中，没有形成像东晋或南宋那样的长期稳定政权。
内部纷争：
南明内部存在严重的皇位争夺，各派系之间为了争夺皇位而频繁发生内乱，削弱了其政治和军事实力。
清朝的打压：
清朝统治者为了巩固自己的统治地位，宣称明朝已亡，并在立足未稳之时便急于修订《明史》，以此宣告南明朝廷的合法性，不承认南明的正统地位。
正统论问题：
按照史学上的正统论，南明最终未能消灭所有对手，包括被清朝所灭，因此不被视为正统。而南宋虽然面对金国称臣，但并未被金朝所灭，最终还联合蒙古灭了金，因此在正统论上有所区别。
文化建树有限：
南明在文化上也没有显著的建树，其存在时间相对较短，地盘小，且政权不稳定，与东晋、南宋等政权相比，难以被正史详细记载。
由于上述原因，南明在正史中通常被描述为一个流亡政权，而不是一个正式的朝代。正史由官方主持修订，注重严谨客观，由于南明政权不符合这些标准，因此没有被详细记载在正史之中