独眼枭要吞店长的原因主要有以下几点：
为了救他：
在第一季最后一集中，独眼枭被有马砍了一只手，另一只手受伤无法爬行，为了救他，独眼枭只能先把他吞到肚子里。因为同类互食可以或多或少增加力量，这样方便逃走。
获取赫子：
食尸鬼可以通过吞噬其他食尸鬼的赫包进行生长，使得自己可以长出多个赫包。店长使出了数个赫子，所以独眼枭将店长吃掉是为了得到店长的赫子，从而增强自己的力量。
制作新一代的独眼：
把店长抓回去可以用来提供赫包制作新一代的独眼。
综合以上信息，可以得出结论：独眼枭吞店长主要是为了救他并获取店长的赫子，以增强自己的力量和制作新一代的独眼。