曹操杀害孔融的原因可以归纳为以下几点：
讽刺和反对曹操的政策
孔融曾上书曹操，出言不逊，反对曹丕纳甄宓，反对曹操发布的禁酒令。
孔融在曹操攻下邺城后，写信讽刺曹操将甄氏赐给曹丕，认为这与武王伐纣后赐妲己给周公的故事相似。
不具备治国才能
孔融虽有才名，但缺乏治国安邦的实际才能，在任职北海期间，多次被围困，无力保护百姓。
推荐祢衡
孔融推荐祢衡，而祢衡是个毒舌，政治上无建树，多次当众侮辱曹操，最终曹操借刀杀人。
性格张扬，不尊重上司
孔融对曹操出言不逊，甚至在曹操推行禁酒令时，因看不惯曹操的行为而发表讽刺言论。
政治立场
孔融拥戴汉室，反对曹操挟天子以令诸侯的行为，这引起曹操的极度忌恨。
其他原因
孔融在曹操手下做事时，因性格张扬，经常讥讽挖苦对方，得罪了许多人，包括曹操。
综上所述，孔融的死可以说是他自身性格与行为上的缺陷，加上他直言不讳，多次讽刺和反对曹操的政策，最终导致了他的悲剧结局