移宫案被称为疑案，主要是因为尽管其事实过程相对清晰，但其中存在一些无法完全解释的疑点，这些疑点引发了后人的关注和探讨。以下是移宫案中一些主要的疑点：
李进忠的身份：
与李选侍合谋的太监李进忠是否就是后来权倾朝野的宦官魏忠贤，史料中虽有此猜测，但缺乏确凿证据。
李进忠的去向：
当李选侍同大臣们对峙时，协同她的太监李进忠突然消失，其去向成谜。
李选侍的动机：
李选侍虽在后宫排位较低，但深得明光宗朱常洛的喜爱，甚至有意封为皇贵妃，她还有更大的野心——皇后的位置。朱常洛去世后，李选侍因不愿离开皇帝身边而引发了一系列事件。
红丸案的影响：
明光宗朱常洛因服用所谓的“仙丹红丸”而突然病逝，红丸的来源、是否有毒，以及献药者的动机等问题，使得红丸案成为一大谜团，间接影响了移宫案的看法。
尽管移宫案的事实过程比较清楚，但这些未解之谜使其在明末三大疑案中占有一席之地。后人对于这些疑点的探究，使得移宫案成为了一个值得深入研究的案例