土壤中的微生物种类繁多，主要包括以下几类：
细菌：
细菌是土壤中最丰富的微生物类群，包括自生生物和发酵生物。自生生物如节杆菌和诺卡氏菌，它们利用土壤中的有机质；发酵型细菌如假单胞菌和芽孢杆菌，需要外部能源，在土壤中的数量通常较低，但在特定底物添加后会迅速增加。
放线菌：
放线菌是一类丝状微生物，它们在土壤中分解有机物质，促进养分转化。
真菌：
真菌在土壤中分解有机物质，形成腐殖质，改善土壤结构，对土壤肥力演变有重要影响。
藻类：
虽然数量较少，但藻类在土壤中也起着重要作用，它们参与物质循环和生态平衡。
原生动物：
原生动物是土壤中的微型动物，包括轮虫、小线虫等，它们以微生物、有机质为食，对土壤结构有一定影响。
病毒和类病毒：
虽然数量较少，但病毒和类病毒也会影响土壤中的微生物群落。
噬菌体：
噬菌体是一类专门感染细菌的病毒，它们在土壤中通过感染细菌来控制细菌数量。
线虫：
线虫是一类微小的土壤动物，它们在土壤中分解有机物质，促进养分循环。
这些微生物在土壤中发挥着多种重要作用，包括有机物质的分解、养分的转化与固定、土壤结构的形成与改善，以及植物生长所需营养元素的供应等。同时，一些微生物还可能对人类和动植物产生有益或有害的影响。因此，了解和研究土壤中的微生物对于农业生产和环境保护具有重要意义。