五层自建房的柱子尺寸需要根据具体的设计要求、结构类型、荷载情况等因素来确定。以下是几个参考标准：
框架结构
柱子尺寸通常不小于400x400mm，若柱距较大，600x600mm也是可能的。
柱子截面不宜小于350mm，否则抗震性能较弱。
砌体结构
构造柱多见于转角处、窗间墙侧等位置，最小短边尺寸为180mm。
其他考虑因素
柱子数量越少，直径越大。
柱子尺寸和配筋还需考虑梁的跨度、荷载以及建筑物的使用要求。
对于民房，未经专业计算，400x350mm的柱子尺寸通常足够，但特殊使用要求下应请专业设计人员计算。
请根据您的具体情况，考虑上述因素，并可能需要咨询结构工程师以获得准确的建议。